Program Pendidikan Baording diperuntukkan hanya untuk siswa ikhwan (putra). Siswa menginap di Asrama Boarding Imam Syafii Pekanbaru. Selama di Asrama siswa didampingi oleh Musrif (ustadz pengasuh). Status siswa boarding sama dengan siswa fullday yaitu tercatat sebagai siswa resmi SMP IT Imam Syafii 2 Pekanbaru, mengikuti KBM bersama dengan siswa fullday dari pagi sampai sore di sekolah.
Siswa Baording selama di asrama memiliki program dan capaian tersendiri dibanding siswa fullday. Salah satu program utama di siswa baording adalah kemampuan penguasaan ilmu al quran seperti tahsin dan tahfidz. Selain itu juga ada program Bahasa Arab, Aqidah, Fiqih Ibadah dan Kajian rutin yang rutin diikuti oleh santri Baording.
