Program Pendidikan di SMP IT Imam Syafii 2 Pekanbaru terdapat 2 (dua) pilihan, yaitu : Program Fullday dan Boarding.
FULLDAY
Program Pendidikan Fullday disediakan untuk Putra dan Putri. Siswa hanya mengikuti Kegiatan Belajar Mengajar (KBM) dari Pagi 07.15 WIB – 16.00 WIB, tidak menginap.
BOARDING
Program Pendidikan Baording hanya untuk siswa ikhwan (putra). Siswa menginap di Asrama Boarding Imam Syafii Pekanbaru. Selama di Asrama siswa didampingi oleh Musrif (ustadz pengasuh). Siswa Boarding memiliki kurikulum pendidikan agama tersendiri dan memiliki target capaian yang berbeda dari siswa fullday.